水木しげる原作のコミック実写化第２弾。小雨の降る夜に「かごめ歌」を聞いた若い女性が失踪する事件が続発。解明に乗り出した鬼太郎たちは、原因が1000年の時を経て蘇った悪霊の呪いであることを突き止める。呪いを封印するためには、古の楽器を集めなければならない。しかし、この呪いには秘められた真実があったのだった。

1977年に『タイムボカン』シリーズ・第２弾として放映された大人気アニメ『ヤッターマン』が、三池崇史監督の手により実写映画化。４つ集まると願いがかなうという伝説のドクロストーンをめぐり、ヤッターマン１号・２号とドロンジョ、ボヤッキー、トンズラーの一味が戦いを繰り広げる。